En el Observatorio Legislativo se realizo una mesa de expertos referente a los principales cuestionamientos sobre el diseño institucional y el funcionamiento de la JEP que está estrechamente relacionado con su legitimidad. Entre los aspectos debatidos y que motivan la percepción sobre la falta de legitimidad de la JEP se pueden agrupar en dos categorías, la primera relacionada con el diseño institucional y la segunda con su funcionamiento.

Se ha generado una corriente de opinión en parte de la sociedad respecto a la JEP como una instancia que puede generar impunidad, y que está siendo instrumentalizada como parte de una estrategia que trasladó la lucha armada al escenario jurídico y político. Lo que pone en el centro del debate si JEP es una instancia cuya naturaleza y funcionamiento están vinculados a aspectos ideológicos o realmente se trata de una instancia judicial imparcial, que va a poner en su centro de acción a las víctimas dándoles un tratamiento sin diferenciaciones.